Acte l

L’action se déroule à Constantinople, dans le sérail. Tandis que le sultan Amurat livre au loin, contre «Babylone», un incertain combat, le grand vizir (premier ministre), Acomat, ourdit un complot pour le renverser et, en utilisant la sultane Roxane, lui substituer sur le trône son frère cadet, Bajazet, qui est prisonnier du sérail, et sur lequel il aura une grande autorité. Il fait en sorte que se rencontrent Bajazet et Roxane. Oubliant tous ses devoirs, elle tombe amoureuse de lui, amour qu’Acomat favorise. Bajazet fait semblant de répondre à l’amour de Roxane qui lui révèle que le sultan, avant de partir pour la guerre, lui a donné l'ordre de le faire mettre à mort au moindre soupçon. Elle lui promet la vie sauve s'il consent à diriger la révolte contre Amurat, et à l'épouser. Atalide, jeune princesse qu’Acomat veut épouser pour assurer sa position, se fait leur intermédiaire pour sauver Bajazet car elle et lui s’aiment en secret depuis leur enfance. Avant de lui permettre de prendre le pouvoir contre Amurat, Roxane, soupçonneuse et inquiète de sa froideur, exige que le jeune homme l'épouse le jour même, s'il ne veut pas qu'elle l'abandonne à la mort.

Acte II

Bajazet résiste aux prières et aux menaces de Roxane, hésite, se défend, et elle, irritée, semble prête à faire exécuter I'ordre d'Amurat. Elle ferme le sérail, pour marquer à Acomat qu’elle refuse le complot. Acomat tente de raisonner Bajazet, mais il refuse de céder. Acomat demande à Atalide de le persuader. Affolée, elle le supplie de feindre encore, lui enjoint d’épouser Roxane et de régner, se résignant à le perdre, pourvu qu'il vive. Il refuse, mais finit pas accepter de laisser croire à Roxane qu’il l’aime.

Acte lll

Si Atalide a conseillé à Bajazet sa feinte, jalouse, elle la prend pourtant pour une réalité : comme Zaïre, son esclave, lui apprend que Bajazet est sauvé, Roxane lui ayant pardonné, elle veut se suicider. Acomat confirme ce qu’a annoncé Zaïre, et vient rappeler à